A standardised numbering for all subtypes of Influenza A hemaggluttin (HA) sequences based on the mature HA sequence

An analysis of N-terminal cleavage sites for thirteen subtypes of influenza A hemagglutinin (HA) sequences, has previously been described by Nobusawa and colleagues(1) using predicted signal peptide cleavage patterns [2].

We have expanded this analysis for the eighteen known subtypes of influenza[3].

Due to differences in the length of HA, we have included strains from multiple clades of H1 and H5, as well as strains of H5 and H7 subtypes with both high and low pathogenicity.

Analysis of known structures of influenza A HA enables us to define amino acids which are structurally and functionally equivalent across all HA subtypes using a numbering system based on the mature HA sequence.

Below we provide a list of equivalences for amino acids which are known to affect the phenotype of the virus.

Remember that there is not always a direct equivalence, especially when comparing strains from different phylogenetic groupings on between A and B viruses.

1 Nonusawa E. et al. 1991 Comparison of Complete Amino Acid Sequences and Receptor-Binding Properties among 13 Serotypes of Hemagglutinins of Influenza A Viruses VIROLOGY 182,475-485

2 von Heijne G, Gavel Y. 1988 Topogenic signals in integral membrane proteins. Eur J Biochem. 174(4):671-8

3 Burke DF and Smoth DJ 2014 A standardised numbering for all subtypes of Influenza A hemaggluttin (HA) sequences. Plos One 9(11): e112302 DOI: 10.1371/journal.pone.0112302

Equivalences as CSV

1 A_United_Kingdom_1_1933_H1N1
2 A_NewCaledonia_20_1999_H1N1
3 A_California_04_2009_H1N1pdm
4 A_Singapore_1_1957_H2N2
5 A_AICHI_2_68_H3N2 
6 A_swine_Ontario_01911-1_99_H4N6
7 A_mallard_Italy_3401_2005_H5N1 Low Path
8 A_Vietnam_1203_04_H5N1_2fk0  High Path
9 A_chicken_Egypt_0915-NLQP_2009_H5N1 High Path clade 2.2.1
10 A_chicken_Taiwan_0705_99_H6N1
11 A_Turkey_Italy_220158_02_H7N3 Low Path 
12 A_Netherlands_219_03_H7N7 High Path
13 A_turkey_Ontario_6118_1968_H8N4
14 A_Swine_HK_9_98_H9N2
15 A_mallard_bavaria_3_2006_H10N7
16 A_duck_England_1_1956_H11N6
17 A_Duck_Alberta_60_1976_H12N5
18 A_gull_Maryland_704_1977_H13N6
19 A_mallard_Astrakhan_263_1982_H14N5
20 A_duck_Australia_341_1983_H15N8
21 A_black-headedgull_Turkmenistan_13_76_H16N3
22 A_little-yellow-shoulderedbat_Guatemala_060_2010_H17
23 A_flat-faced_bat_Peru_033_2010_H18
24 B_HONGKONG_8_73
25 B_FLORIDA_4_2006
26 B_HUMAN_BRISBANE_60_2008
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H1_33
H1_99
H1pdm
H2_57
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LP-H5
HP-H5
HP-H5 del129
avH6
LP-H7
HP-H7
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B_FL06
B_BR08
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590 V
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591 I
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